北京大学第三医院中央党校院区是北医三院执业机构之一，于2006年5月30日成立。中央党校院区开设有专家门诊、专业门诊和普通门诊，并有100张床的住院部。 病房包括老年内科、普通外科肛肠专业、泌尿外科。开设有心内科、呼吸内科、消化内科、神经内科、内分泌科、风湿免疫科、肿瘤科、肾内科、皮肤科、骨科、康复医学科、泌尿外科、肛肠科、妇产科、口腔科、眼科、耳鼻喉科、疼痛门诊、中医科和中医针灸科专家门诊，及心内科、内分泌科、消化科、风湿免疫科、普通外科、耳鼻喉科、眼科、康复科、肛肠科、中医科、针灸科、皮肤科专业门诊。普通门诊包括内科、外科、口腔科。