第三师医院是一所集医疗、教学、科研为一体的地区二级甲等综合性医院。医院设置临床科室17个，有普外一科（普通外科）、普外二科（肿瘤外科）、骨一科（脊柱、颅脑）、骨二科（创伤骨科）、泌尿外科、妇科、产科、耳鼻喉科、眼科、口腔科、心脏内科、神经内科、消化内科、内分泌内科、中西医科、小儿科、急诊科。 医技科室9个，有检验科、放射科、特检科、药剂科、病理科、理疗科、门诊部、设备科、手术麻醉科。机关职能科室12个。医院现拥有东芝1.5T核磁共振、飞利浦16排螺旋CT、飞利浦数字化X线成像系统（DR）、飞利浦数字化血管减影机（C型臂）、飞利浦数字减影血管造影机（DSA）、Vivid S6彩色多普勒超声仪、飞利浦IE33彩色多普勒超声仪、奥林巴斯电子胃肠镜、奥林巴斯支气管镜、胆道镜、COBAS e411 电化学发光圈子的免疫分析仪、美国强生350干化学分析仪等大型医疗设备。 医院目前已建立3套远程医疗系统，分别是全军影像学远程医疗平台；兵团医院和石河子医学院附属医院的远程医疗平台。并先后与卫生部中日友好医院、解放军154医院、广东中山市、东莞市相关医院建立了对口支援关系；与兵团医院、石河子一附院、新疆医学院、自治区肿瘤医院、自治区中医院等医院建立了良好的协作关系。 医院目前可在腹腔镜下开展，胆道造影、胆囊切除术、阑尾切除术、腹腔探查术、腔镜下甲状腺肿瘤切除术、腔镜下疝修补术（成人、小孩）、腔镜辅助直结肠肿瘤根治术、重度痔疮采用痔上粘膜环切术(PPH)、次全子宫切除、宫外孕――孕囊摘除术、卵巢囊肿、子宫肌瘤剔除术、绝育术、输卵管伞端再通术，腹腔镜下全子宫切除术、附件手术、宫颈癌根治术。 医院外科在肝胆疾病方面开展了肝叶切除术及部分肝切除术治疗肝脏占位性病变、肝包虫外囊切除术、内囊切除术、肝内胆管结石切开取石术、高位胆管癌梗阻近端左肝管T管引流术、乳腺癌前哨淋巴结活检术、食管癌二切口、三切口根治术、肺癌根治术等。 医院骨科在颅脑外科方面开展了微创钻孔引流术、开颅血肿清除术一千例，人工髋膝关节置换术一千例、率先在喀什地区完成人工肘关节置换术三例，关节镜手术已走在本地区的前列。近二十年完成脊柱结核，脊柱压缩性骨折，颈椎病、腰间盘突出、腰椎滑脱及脊柱退变等手术近3000例。微创的经皮椎体成形术，对老年人压缩性脊柱骨折具有创伤小、恢复快的优点。同时开展转移皮瓣治疗皮缺损及开放性骨折等，在治疗骨髓炎等方面也有很丰富的经验。 医院妇产科新开展了盆底重建术，使子宫脱垂和阴道前后壁脱垂的患者有了更好的治疗。电子阴道镜、电子宫腔镜检查术及宫腔镜下宫颈电切、宫腔病变电切术、会阴、宫颈聚焦治疗技术等、中药灌肠后超短波治疗盆腔炎，在不孕不育的治疗方面也取得了一定成果，以及在阴道缩窄术、阴式全子宫切除术、不开刀药物保守治疗宫外孕等取得良好效果，在喀什地区处于领先地位。 医院心内科成功开展了经皮穿刺冠状动脉造影及支架置入术、经桡动脉途径冠脉介入诊疗术、急诊PCI术、主动脉内球囊反搏术、临时及永久起搏器植入术、电生理检查及射频消融术等复杂难度较高的心血管介入手术。对冠心病、急性心肌梗死、心源性休克、心律失常、心力衰竭、高血压、心包炎、心肌炎、心肌病等心血管疾病具有较高的诊疗水平。 近十年来医院与美国“微笑列车”慈善项目合作，免费为喀什地区1200余名唇腭裂患者成功实施手术治疗，引起社会的强烈关注。 第三师医院始终坚持“救死扶伤，守护边疆人民健康”的宗旨，发扬艰苦奋斗的军垦精神，不断提高医疗质量，创新医疗服务，倡导人文关怀，努力为病人提供全程、全方位的优质服务。始终本着“团结诚实、优质高效、患者至上、追求卓越”的医院精神，坚持社会效益第一，充分体现公益性的办院方向，努力打造成为“服务好、质量好、医德好，群众满意”的喀什地区医疗服务质量一流的综合性医院。