根据吉林省政府《关于吉林大学中日联谊医院和省康复医疗中心整合的批复》（吉政函﹝2011﹞108号）和吉林省政府专题会议纪要《研究吉林大学中日联谊医院、省康复医疗中心和省结核病医院整合有关问题》（﹝2011﹞42期）有关要求，2011年6月9日，吉林大学中日联谊医院成功合并原吉林省康复医疗中心。同年8月29日，吉林大学中日联谊医院南湖院区正式开诊。 吉林大学中日联谊医院南湖院区，位于长春市朝阳区南湖新村东街1028号，占地面积10.33万平方米，绿化率达到70%，是目前吉林省内唯一一家园林式医院，也是长春市南部新城唯一一家卫生部直属的三级甲等医院。作为最具发展潜力的院区，吉林大学中日联谊医院在南湖院区的发展建设过程中，将始终坚持建设高水平研究型医院发展目标，坚持“突出外科特色、发挥综合优势、实现科学发展”的理念，坚持“院有特色，科有优势，人有专长”的发展策略，并最终将其建设成为开放床位1200张，建筑面积15万平方米，以骨科诊疗为主体，以康复医疗为特色，集医、教、研为一体的综合性、高水平、现代化院区。