南岸区第三人民医院院内设有门诊部、住院部、行政后勤三大二级部门。门诊设有西医内科、外科、中医科、骨伤科、五官科、皮肤科、痔瘘科、口腔科、中西药房等十多个科室；辅助科室设有检验、X光、B超工作站、脑电图、心电图、碎石机、病理、胃镜等辅助检查科室。开设病床80张，分住院内科、外科、妇产科、外科能作上、中、下腹部手术，配有腹腔镜等先进手术设备。能开展胃大部分切除、胆、脾切除和子宫次全切除手术。对内科常见病、多发病、疑难、危重病症能作出相应的诊断处理及抢救。