重庆市人民医院三院院区前身是1929年创立的国民政府中央医院，1939年迁至重庆。1945年在学田湾设立国民政府中央医院城区门诊部，1947年该门诊部迁至现址，更名为国民政府中央医院重庆城区分院，1950年后相继整编为西南军政委员会、西南行政委员会直属医院。1951年负责西南局机关干部医疗保健工作，1954年设置全市唯一一家地专级以上高级干部病房（直至20世纪80年代），1955年正式命名为重庆市第三人民医院。1985年成为重庆市唯一的副厅级医院，1991年增挂重庆市老年病防治研究所，1993年成为全市首批三级甲等医院，1997年增挂重庆市临床检验中心，2003年增挂重庆市眼耳鼻咽喉科医院，2006年增挂重庆中俄友好医院。