阿巴嘎旗蒙医院成立于1989年6月，原为旗综合医院的一个科室。于2007年在别力古台镇新建了旗蒙医院综合门楼，建筑面积2717平方米。共有工作人员42人，本科学历4人、大专学历2人、中专学历16人、高中以及以下学历20人。