医学院门诊部是集教学、科研、临床为一体的非营利性综合医疗机构，是金华市社会医疗保险首批定点单位。拥有一大批临床经验丰富的中、高级医护人员。金华市健康咨询体检中心、金华市全科医疗服务中心、金华市乙型肝炎防治研究室、金华市不孕症研究所挂靠于门诊部，在社会上具有较高的知名度与影响。设有内科、外科、骨科、妇产科、儿科、全科、眼耳鼻喉科、中医科、口腔科等22个临床及辅助科室。