环县疾控中心内设办公室、总务科、结防所、传防科、检验科、卫生监测科、性病艾滋病科、中医防病科及慢病防治科职能科室9个。承担着全县传染病、慢性非传染性疾病的预防控制、卫生检验监测、突发公共卫生事件的应急处理及部分疾病的治疗工作；承担着疾病预防控制科学研究和全县疾病预防控制人员的培训和业务指导工作，是实施政府疾病预防控制职能的财政全额拨款全民事业单位。