西安交通大学口腔医院始建于1950年的国立西北医学院附属医院牙科专科门诊。1956年5月改名为西北医学院第二附属医院口腔科，同年9月改名为西安医学院第二附属医院口腔科，1958年成立了口腔科学系。1975年经国家教育部批准，建立了“西安医学院口腔医学系”。1985年3月经国家卫生部批准，成立了西安医学院附属口腔医院，同年6月更名为“西安医科大学口腔医院”，1991年成立了口腔医学院。2000年西安医科大学与西安交通大学合并，更名为“西安交通大学口腔医院”，2012年増名西安交通大学口腔医学院。经过几十年的发展，现已是西北地区唯一的国家卫生健康委委属委管的集医疗、教学、科研、预防保健为一体的大型三级甲等口腔专科医院。