大理州血吸虫病防治研究所前身是云南省血吸虫病防治所，建立于1953年6月。1990年4月28日经省卫生厅批准，增挂“云南省血吸虫病防治研究中心”牌子，负责全省血吸虫病防治业务技术指导工作。2002年机构改革中，负责全省的相应业务工作交由云南省地方病防治所承担。大理州血防所属于财政全额拨款卫生事业单位，其性质属于公共卫生机构（疾病控制）的范畴,人员编制90人,现有在职职工78人,其中专业技术人员67人（正高职称4人,副高8人,中职29人），中高职人员占专业技术人员的61.19%。藏有中外文期刊150多种，馆藏图书5000余册，为防治、诊断、科研和教学提供了较好的条件。鉴于大理州是云南省血吸虫病的主要流行区，疫情态势十分严峻，在2002年机构改革时，大理州政府继续保留了全州的血吸虫病防治机构，没有合并入州疾控中心。