温州医科大学附属第二医院是浙江省省属三级甲类医院，公益二类事业单位，预算方式为财政适当补助。瓯江口院区（瓯江口新区医院）位于温州市东部瓯江出海口的瓯江口新区，距学院路院区约25公里。该工程总投资约14.3亿元，其中一期总投资约13.22亿元,二期总投资约1.08亿元。计划开放床位1500张。占地面积为123亩，总建筑面积17万平方米。瓯江口院区（瓯江口新区医院）所在区域地理位置优越，有甬台温高速复线、城市轻轨S1和S2线出入口距医院仅1公里左右，有连接南北的市县快速路等经过此处，隔江与机场交通枢纽相连，日后交通十分便利。 瓯江口院区将建设成为以骨科和康复科为主的“大专科、小综合”医疗中心，兼挂“温州医科大学附属骨科医院”、“温州市瓯江口新区医院”牌子。   2016年4月28日，温州医科大学与温州瓯江口产业集聚区管理委员会签署了合作协议，委托温州医科大学附属第二医院进行瓯江口新区医院的管理和运营，并作为温州医科大学附属第二医院一个有独立编制的院区。2017年10月24日温州市机构编制委员会批准设立温州瓯江口新区医院（筹）为公益二类事业单位，事业编制报备员额425名。