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根据你的描述，孩子目前是5岁11个月的儿童咳嗽已经三周，用了两个疗程的阿奇霉素，但孩子咳嗽并没有明显好转，感觉咳嗽在家做。之前做过血的肺炎支原体的检查，提示阳性。
针对上述情况分析和建议如下：
1.首先需要说明的是，通过验血并不能完全明确孩子一定是肺炎支原体感染导致的肺炎的，而且有没有肺炎目前都不一定很明确，除非说孩子肺部听诊确实有明显的罗音呼吸有急促的那情况，在临床上判断有肺炎，否则就肺炎支原体的抗体或者抗原的检测，并不能判断一定是肺炎支原体的现症感染或者一定有肺炎，肺炎支原体igm抗体可以持续存在好几个月。
2.所以针对孩子目前的这个情况，还是会建议完善肺部的影像检查，看看到底有没有肺炎。同时建议完善咽拭子的肺炎，支原体核酸和百日咳核酸等检测，看看有没有特殊的感染或者肺炎支原体是不是耐药的。如果明确是肺炎支原体感染，那么处理是不一样的，比如说肺部的影像检查显示确实是比较严重的肺炎，可以改静脉输注阿奇霉素，严重的时候可以配合激素，如果说有实变之类的情况，可能需要支气管镜的帮助。
3.近期像百日咳之类的也是非常的多的，所以学龄期的儿童还是会建议完善百日咳杆菌的检查，特别孩子咳嗽已经有三周，且在加重的情况下。百日咳是由百日咳杆菌引起的急性呼吸道传染病，临床特征为咳嗽逐渐加重，呈典型的阵发性、痉挛性咳嗽，咳嗽终末出现深长的鸡啼样吸气性吼声，病程严重时可能长达2～3个月（妈妈可以在百度上搜一下百日咳咳嗽的视频，看一下你的孩子咳嗽情况于与其像不像）。典型的百日咳血常规一般表现为白细胞比较高，淋巴细胞为主，一般肺部听诊没有罗音，胸片拍摄没有明显的异常。
3.百日咳的治疗大多需要应用抗生素，但最近的白日和杆菌很多对阿奇霉素之类的也是耐药的，可能就要尝试其他的抗生素，比如说复方磺胺甲恶唑（smx-tmp），如果口服治疗效果不理想的情况下，我们可能会换用头孢哌酮舒巴坦钠或者哌拉西林西他唑巴坦。
4.护理上保持室内空气新鲜，维持室内合适的温度和湿度（50-60%），避免引起孩子咳嗽的刺激，比如剧烈的声音、哭闹等。适当液体摄入（奶、鸡汤、温热的苹果汁、蜂蜜水），有利于咳嗽缓解。平常的时候注意勤洗手。
刺激性咳嗽很多的情况下，还可以酌情尝试雾化。
5.总的来说，孩子目前的病程时间已经比较久了，从目前你提供的信息来看，还不能判断孩子一定是肺炎支原体感染导致的肺炎，建议完善相关的检查，帮助进一步明确嗯，如果考虑是耐药的肺炎支原体可能会建议改静脉输液治疗的（孩子目前年龄太小，不能使用多西环素），如果考虑是其他病原感染导致的，可能需要改换其他的抗生素。
希望上述建议对您所帮助，也祝愿孩子能够一切顺利早日康复。