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大部分肛瘘由肛周脓肿引起，肛周的化脓性感染如治疗不及时或者治疗不彻底，可能不断损伤肛周组织，就像在肛门周围「打洞」，肛周脓肿破溃后，就有可能形成一个从肛周皮肤到直肠的通道，肛瘘就形成了。

肛瘘和肛周脓肿是一个病的两个阶段，以炎症为主，没有破溃流脓的时候多称为肛周脓肿，如果脓肿破溃流脓了，有外口和瘘管形成，多称为肛瘘。

肛瘘一旦形成，是不会自行愈合的，有时外口会出现暂时的愈合，但由于瘘管及内口持续存在，依然可能有各种分泌物，很容易再发。想彻底治愈肛瘘，必须同时根除外口、瘘管、内口，只有手术可以达到这个效果。

大多数肛瘘都可以一次治愈，愈合后对生活和排便也没有什么影响的，心理上也不要有负担，建议尽早手术治疗，手术后愈合好了就没事了。