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您的结石长径超过2cm,建议手术治疗,经皮肾镜钬激光碎石取石是可选方案之一(就是您提到的在肾脏上打洞的手术方式),还可以选择的方案还有输尿管软镜钬激光碎石,经皮肾镜一次性清石率较高,一般来说2cm以上的肾输尿管结石首选经皮肾镜碎石取石术,但是它需要建立经皮肾穿刺通道,风险相对大一些,输尿管软镜是经过输尿管(自然腔道)完成手术,它的碎石效率较经皮肾低,但是风险相对也更低,一般适用于2cm以下的结石,结石较大或者质地坚硬的选择输尿管软镜碎石可能需要做多次软镜手术,从而增加费用,随着技术和设备的进步,输尿管软镜的手术适应症逐渐放宽,超过2cm的结石很多也都能一次性取净,软镜术后一般留置尿管1-2天,具体手术方案的选择要根据您的情况和当地医院的具体情况来决定。