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孩子反复发热12天，伴有严重的咳嗽、有痰，结合线下医生的听诊及胸片（胸片看孩子的肺炎并不太严重），考虑为肺炎可能。
孩子的化验：
血常规：白细胞偏低（这个提示病毒感染可能）
结合病毒学结果，考虑为乙流和人偏肺病毒感染可能。乙流病毒和人偏肺病毒混合感染本身就可能导致病程较长、症状较重。即使使用了高级别抗生素（美罗培南），这些抗生素对病毒是无效的。如果肺部炎症严重，吸收过程也可能引起反复发热。

单一的“抗EB病毒衣壳抗原IgA抗体阳性”可能提示既往感染，也可能是当前感染的一部分。如果没有EB病毒感染的临床表现（眼皮浮肿、化脓、血常规结果也不支持），考虑孩子本次发热由EB病毒感染引起可能性小。

关于宝宝发热的处理建议（主要目标是缓解不适，而非单纯将体温降至正常）：
低热：37.5℃~38℃（腋温）。不需要用退热药，监测体温即可。
中热：38.1℃~39℃。宝宝若无不适，不推荐使用退热药；若宝宝出现不适感或精神状态不好时即可使用退热药物 ，布洛芬（美林、安瑞克、优舒芬）或对乙酰氨基酚（泰诺、扑热息痛、儿童百服咛），每种退热药每天吃不超过4次。一般不建议交替使用退热药。
高热：＞39℃，需使用退热药。

一定要给宝宝多多喝水，以补充发热及反复用退热药引起的体液流失。饮食方面也要多吃一些汤汤水水的食物，如粥、豆浆、面条等。别吃太甜太咸的食物。

咳嗽本身可以有助于清除呼吸道内的分泌物，利于疾病的康复，一般不需要特殊用药干预治疗。也没有治疗咳嗽的特效药。对于咳嗽、发热，主要也是针对病原的治疗，比如明确的细菌感染，要用到头孢或青霉素类药物；如果是支原体或衣原体感染，要用到阿奇霉素或红霉素…

偏肺病毒本身是自限性疾病，没有特效药；
乙流需要用到口服的奥司他韦或静脉用帕拉米韦。

可以多喝些水，能稀释呼吸道分泌物，有助于其排出。可以在睡前 30 分钟干吃一小匙（约 10 g 左右）纯蜂蜜，有一定的止咳作用。

尽量保持室内恒温（22-24度会比较舒适），避免乎冷乎热，保持室内湿度在50%左右，同时避免接触二手烟、油烟、花粉、小动物等刺激,生病的人不要过来照顾宝宝，家中每天至少通风换气2次，都有助于疾病的恢复。

建议：
1、复查血常规、C反应蛋白（CRP）、降钙素原（PCT）、血细胞形态。这有助于判断是病毒、细菌还是混合感染，以及炎症的活跃程度。
2、胸片是二维的，有时会遗漏或低估病变。CT能更清晰地显示肺炎的范围、形态（如是否有坏死性肺炎、肺脓肿、胸腔积液等），对判断病情严重程度和指导治疗很有价值，所以建议作一下肺CT检查。
3、鼓励孩子少量多次喝温水、奶或口服补液盐水，发烧和咳嗽会消耗大量水分。
4、吃清淡、易消化的流食或半流食，如粥、烂面条、蒸蛋等。生病期间消化功能弱，不要强迫进食。

综上，考虑孩子为肺炎可能，建议复查以上血检及肺CT，根据检查结果，调整用药方案。

希望我的回答能够对您有帮助，祝您生活愉快，祝宝宝早日康复！